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《生物信息学》来稿要求论点明确，数据可靠，条理清晰，文字精炼。研究论文一般在4000字以内，综述性文章以5000字为限，研究简讯、动态等文章一般在1000字以内。其他栏目根据具体情况确定。
《生物信息学》来稿请提供激光打印样一式两份（请用A4纸小4号通栏打印，作者自留副本），并附作者工作单位推荐信。稿件须注明联系人详细通讯地址（包括邮政编码、电话、传真、电子信箱等）、第一作者个人信息（包括性别、出生年月、职称、所获学位等），以便处理稿件时能及时与作者联系。
《生物信息学》来稿务必做到清稿定稿。稿件中的外文字母、符号必须分清大、小写，正、斜体，上下角的字母、数码和符号，其位置高低应区别明显。容易混淆的字母、符号等在首次出现时，请用铅笔注明。文中计量单位务必使用新出版的中华人民共和国国家标准《量和单位》中颁布的法定计量单位名称和符号。非许用单位，务请换算成许用单位。
本刊的编排规则和格式依据国家标准的要求，来稿由中英文标题、作者、单位（城市、邮政编码）、中英文摘要、关键词、正文(含文字、图表)、脚注、参考文献等部分组成。对各部分要求如下：
标题中英文对照。一般不用副标题，中文题名一般不超过20个字，英文题名应与中文题名含义一致，一般不超过10个实词。标题应简洁、明确地反映研究成果的实质及特点。
作者应是对文章全部或部分内容作出主要贡献、能对内容负责的人，并应征得各人同意。作者单位应标明全称及所在城市和邮政编码。文章第一作者通常为联系人，另定联系人时，请用脚注标明。
摘要以第三人称撰写，内容包括研究目的、方法、结果、主要数据、和结论等。研究论文中文摘要一般不超过300字，英文摘要内容与中文摘要基本一致。请注意中国作者在英文稿中的姓名采用汉语拼音，姓前名后分写，姓和名的首字母均大写，复姓和双名间均不加连字符，但会产生歧音的可用隔音符号（’）区分。
每篇文章应选取反映文章内容的关键词3~5个。关键词分别列在中英文摘要之后。
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